Olá Judah88,

Abaixo segue o procedimento para efetuar a formatação do HD via diskpart, desta forma deve resolver o problema.

1 - No menu iniciar, digite cmd, clique com o botão direito do mouse e escolha "Executar como administrador".

2 –  Uitilize os seguintes comandos:

diskpart - Para executar o aplicativo de particionamento

list disk - listar os discos (HDs e pendrivers)

select disk X (onde X é o número do pen drive na lista)

clean - Este comendo irá apagar todos os dados do Pen Drive. 

create partition primary – tornar a partição primaria

format fs=NTFS quick - para formatar o pen drive

assign - para criar a letra da partição

active - para tornar ativa

exit – sair do diskpart

exit – sair do prompt

Espero ter ajudado.