Dell Technologies och Translational Genomics Research Institute (TGen) har samarbetat under en längre tid för att möjliggöra banbrytande forskning med livsförändrande resultat. TGen är baserat Phoenix, Arizona och är ett ideellt medicinskt forskningsinstitut anslutet till City of Hope – ett världsberömt oberoende forsknings- och behandlingscenter för livshotande sjukdomar.
TGen använder flera superdatorer från Dell Technologies för att forska på det mänskliga genomet och utveckla läkemedel för sjukdomar som COVID och andra infektionssjukdomar, cancer, neurologiska störningar och sällsynta barnsjukdomar.
TGen använder sina superdatorer för att identifiera mer exakta och personliga behandlingsalternativ, för att rädda fler liv. TGen kör till exempel ett HPC-kluster som främst används för patogengenomik och håller även på att bygga ett nyare system baserat på Dell EMC PowerEdge R640-servrar med skalbara Intel® Xeon®-processorer, Dell EMC Isilon-lagring och Dell EMC PowerSwitch-nätverk.
TGen och City of Hope använder också ett GPU-centrerat system baserat på Dell EMC PowerEdge C4140- och R640-servrar med NVIDIA® V100-grafikprocessorer, Dell EMC PowerSwitch-nätverk och Dell EMC Isilon-nätverksansluten lagring. Dessa används främst för simuleringar av molekylär dynamik.
Det uppgraderade HPC-systemet, som ursprungligen byggdes av TGen, Dell Technologies och Intel, hjälper TGen att hantera de enorma mängder data som är involverade i genomsekvensering. Att bygga systemet var ingen liten teknisk prestation – nästa generations sekvensering (NGS) fångar vanligtvis en terabyte eller mer data varje gång en sekvens körs, men TGen kör flera sekvenser som är dygnet runt. TGen behövde därför ett HPC-system som kunde lagra, bearbeta och beräkna dessa massiva datamängder.
Den uppgraderade superdatorn ger TGen processorkraften från 3 000 Intel® Xeon®-processorkärnor, vilket ger forskare 1 miljon CPU-timmar per månad för att utföra 50 biljoner operationer per sekund. Genomics-sekvenseringssystemet erbjuder också mer än 3 petabyte skalbar och nätverksansluten lagring.
Uppgraderingen minskar databehandlingstiden från två veckor till bara åtta timmar. Denna dramatiska prestandaförbättring gör det möjligt för TGen att leverera personliga behandlingar som räddar liv. Det hjälper också TGen att forska på infektionssjukdomar, som också är DNA-baserade organismer. Dessutom hjälper det institutet att ta en aktiv roll i kampen mot COVID-19. TGen har utvecklat ett RNA-test för COVID-19 och har testat lokala patienter sedan mars 2020.
Forskarna sekvenserar alla positiva testresultat och bygger en biobank med genetiska signaturer för sjukdomen över tid. Som en del av detta projekt kan TGen analysera data på Dell Technologies HPC & AI Innovation Labs Zenith-superdator.
”Under ett antal år har jag haft möjlighet att arbeta med människor på Dell som verkligen brinner för vad de gör. Det handlar om att bygga teknik för att lösa problem och att göra skillnad. Den filosofin stämmer mycket nära med vad vi försöker göra här på TGen. Att ha en partner som verkligen är investerad i att försöka förändra saker till det bättre är absolut kritiskt. Det är något vi värdesätter oerhört”, säger James Lowey CIO på TGen.
