Hola, y cuanto tarda en acceder a Windows ahora?

Una vez accedes, puedes entrar sin problemas en ese disco?

Como estan repartidas las particiones en el administrador de discos?

Hola, se demora casi 2 minutos aprox. El disco HDD funciona perfecto, antes de instalarlo lo  formatie rápido en NTFS. 

Si lo desconecto vuelve a arrancar el SO en 20 seg de nuevo.

Lo que yo creo es que crea un conflicto entre el SSD y HDD antes de iniciar windows, porque se queda trabado y luego inicia windows en normalidad.

No deberia haberlo si los has formateado y no contiene ninguna particion de arranque o del sistema, el disco va por su propio puerto SATA, pasale el crystaldiskinfo y comprueba si el disco esta correcto.

Así tengo actualmente la configuración de mis discos duros, realice la prueba con crystaldiskinfo  y esta todo correcto.

Nose que sera, yo creo que debo recuperar el sistema o algo así. 

De momento no veo la imagen, tardara un poco, en cuanto le den el visto bueno.

Aun no veo la imagen, el disco nuevo esta en NTFS, como esta el SSD? para saber seguro el modo y sistema, haz lo siguiente con cada disco:

clic derecho en el disco

propiedades

hardware

seleccionas disco

propiedades

volumen

rellenar

estilo de particion

Son correctas, lo unico que se me ocurre es que en el inicio acceda a alguna aplicacion cuando arranca, lo tienes vacio en este momento?

La imagen sigo sin poder verla.

Que particiones tienes en este momento en cada disco? miralo desde el administradore de discos.

no lo tengo ocupado con imagenes, videos y juegos.

Has mirado que en BIOS este el disco mecanico como deshabilitado? no sea que quiera acceder al arranque.